Download ultima versione e apertura archivio:
$wget http://suphp.org/download/suphp-0.7.2.tar.gz
$tar -xzvf suphp-0.7.2.tar.gz
$cd suphp-0.7.2/

Probabilmente adesso lanciando il comando configure avremo i seguenti errori:
configure: WARNING: unrecognized options: --with-php, --enable-SUPHP_USE_USERGROUP
configure: error: cannot find install-sh, install.sh, or shtool in config "."/config

In questo caso per risolvere lanciamo in ordine questi comandi:
$libtoolize --force
$aclocal
$autoheader
$automake --force-missing --add-missing
$autoconf

Adesso si può proseguire, solitamente come setid-mode utilizzo paranoid specificando nei VirtualHosts di apache utente e gruppo ma si può anche decidere di usare owner per eseguire i file con i permessi dei relativi proprietari:
$./configure --prefix=/usr --sysconfdir=/etc --with-apr=/usr/bin/apr-1-config --with-apxs=/usr/sbin/apxs --with-apache-user=apache --with-setid-mode=paranoid --with-logfile=/var/log/httpd/suphp_log
$make

In ultimo con permessi di root:
#make install

Come ultimo passo va settato il file di configurazione, ecco un esempio (/etc/suphp.conf):
[global]
;Path to logfile
logfile=/var/log/httpd/suphp.log
;Loglevel
loglevel=info
;User Apache is running as
webserver_user=apache
;Path all scripts have to be in
docroot=/
;Path to chroot() to before executing script
;chroot=/mychroot
; Security options
allow_file_group_writeable=true
allow_file_others_writeable=false
allow_directory_group_writeable=true
allow_directory_others_writeable=false
;Check wheter script is within DOCUMENT_ROOT
check_vhost_docroot=true
;Send minor error messages to browser
errors_to_browser=false
;PATH environment variable
env_path=/bin:/usr/bin
;Umask to set, specify in octal notation
umask=0077
; Minimum UID
min_uid=100
; Minimum GID
min_gid=100

[handlers]
;Handler for php-scripts
x-httpd-suphp="php:/usr/bin/php-cgi"
;Handler for CGI-scripts
x-suphp-cgi="execute:!self"